Su última acción de guerra fue la siguiente:

A principios de diciembre de 1854, una banda de mescaleros asaltó un campamento ovejero situado junto al río Pecos, cerca de Anton Chico (Guadalupe County, New Mexico), perteneciente a Preston Beck y James Madison Giddings, llevándose gran cantidad de ovejas a las White Mountains (Lincoln County, New Mexico).

El capitán Richard Stoddert Ewell fue tras ellos con un destacamento formado por 50 soldados de Infantería y 29 Dragones.

El primer contacto se produjo una noche que estaban acampados junto al río Peñasco, un afluente del Pecos, cuando los mescaleros les dispararon y les arrojaron varias flechas.

A la mañana siguiente siguió la persecución, ordenando Ewell que una avanzadilla fuera por delante del destacamento. Primero fueron soldados de Infantería, mandados alternativamente por los tenientes Junius Daniel y Henry Walker, y luego varios Dragones, montados y desmontados, al mando del teniente Moore. Este persiguió a varios mescaleros por altas colinas con profundos barrancos, pero la dureza de la marcha y el frío invernal habían agotado sus monturas, mientras que los caballos de los mescaleros parecían no notar el cansancio. Aparentemente, la táctica de los mescaleros era mantener alejados a los soldados de sus mujeres y niños.

El informe de Ewell decía: “Aproximadamente a las 15:00 horas del 18 de enero, llegué al primero de sus abandonados campamentos, donde mi destacamento se detuvo por la noche, ordenando al capitán Stanton (Henry Whiting Stanton, compañía “B” del 1º de Dragones) que fuera con varios hombres a examinar un pequeño valle a la derecha donde había algunas viviendas abandonadas a unos 500 metros de distancia, y que trataran de encontrar la dirección que tomaron los indios cuando se fueron. Este oficial, luego de llegar al punto designado, cargó contra unos indios que vio al frente y al seguir las empinadas laderas en el ardor de la persecución, se separó de algunos de sus hombres, mal montados, los cuales no pudieron incorporarse cuando sonó el toque de llamada. Después de reunir a una docena de sus hombres, avanzó por el valle hasta que se convenció de que los indios no se habían retirado en esa dirección y comenzó a regresar conduciendo sus caballos. Aproximadamente a 1’2 km del campamento, el valle con árboles se estrechaba, y ahí fue emboscado y disparado, el primer disparo mató a uno de sus hombres. Ordenó a su grupo que se dirigiera a los árboles, pero como los indios eran demasiados, montó y ordenó a su grupo que se retirara permaneciendo él en la retaguardia, disparando su carabina Sharps, cuando recibió un disparo en la cabeza, falleciendo instantáneamente”. Además de Stanton, fallecieron los soldados Thomas Dwyer y John Hennings.

Informado el general John Garland, dijo: “Los apaches perdieron en la pelea a 15 hombres y me complace decir que tengo información positiva de que su gran jefe de guerra Santana y uno de sus hijos resultaron muertos”.

El 6 de marzo, el Dr. Michael Steck, el agente de los apaches en New Mexico, escribió: “Hoy me visitó una delegación de apaches mescaleros, quien afirmó que hace unos días se realizó un consejo de la tribu. Dicen que sus caminos están abiertos a los estadounidenses, que la fuente de todas sus dificultades, Santana, está muerto y quieren la paz…”.

Pero no era así. Santana fingió su muerte. Entendió, antes que muchos otros apaches, que el resultado final de continuar la lucha con el hombre blanco sería la aniquilación de su pueblo. Sabiendo que sería de los primeros en morir por su comportamiento belicoso, desapareció en las montañas. No se sabe qué hizo ni dónde estuvo entre 1855 y 1870.

Reapareció para dirigir a sus seguidores en la paz y evitar la desaparición de su pueblo. Santana se hizo amigo de Joseph Hoy Blazer, quien le enseñó a convivir en el mundo del hombre blanco e intercedió en diferentes conversaciones con el gobierno estadounidense. Blazer trabajaba en un molino (conocido como Blazer’s Mill) en el Río Tularosa, a 2,4 km río abajo de la Agencia Mescalero. Los dos hombres aprendieron a respetarse y desarrollaron una amistad duradera hasta la muerte de neumonía de Santana en el invierno de 1877.