1ª esposa: Nah-de-yole (chokonen). Tuvieron tres hijos: Paul, Lena y Peter. Se divorciaron en 1892 o 1893, casándose ella con Erick Spitty (chokonen). Nah-de-yole falleció en 1896 en Fort Sill (Comanche County, Oklahoma).

2ª esposa: Grin-eh-zel-eh-had, más conocida como E-clah-heh (bedonkohe). Era pariente de Gerónimo. Tuvieron cuatro hijos: Dorothy, Bahnaskli, May y Jane. E-clah-heh falleció en 1909 en Fort Sill.

3ª esposa: Ha-o-zinne (chokonen). Era hija de Beshe y Ugohun. Ella y sus padres estuvieron con Naiche, Gerónimo y los demás chiricahuas en el momento de su rendición en 1886.  Tuvieron siete hijos: Christian Jr., Jacob, Amelia, Hazel, Granville, Barnabas, y Roscoe. Ha-o-zinne falleció en 1913 o 1914 en la Reserva Mescalero.

En abril de 1913, ya libres, 187 chiricahuas con Naiche a la cabeza dejaron Oklahoma (84 decidieron quedarse, donde viven sus descendientes en la actualidad) viajando en un tren de mercancías para irse a vivir a la reserva de los apaches mescaleros, en New Mexico. Ha-o-zinne murió poco después de llegar a la Reserva Mescalero cuando, dando un paseo para ver como era su nuevo hogar, se sintió indispuesta, falleciendo de un infarto. Un relato no confirmado dice que Ha-o-zinne es la madre del bebé que una enfermera le quitó en 1888, no volviéndolo a ver nunca más. En años posteriores, el hijo secuestrado pudo determinar su origen y los hijos de Ha-o-zinne lo aceptaron como familiar suyo. Si eso es cierto, Naiche tuvo 15 hijos.

Estando prisionero en Fort Sill, Naiche se convirtió al cristianismo. Falleció el 16 de marzo de 1919 en la Reserva Mescalero.